畜禽养殖污染源点多、面广、量大，管理上必须特别强调禽畜粪便污染减排的原则，**通过养殖结构调整，开展清洁生产，如改进养殖场生产技术，科学养殖管理，采用少水干烧工艺。
畜禽粪污的处理应该坚持“减量化、无害化、生态化、资源化”的“四化”原则。
畜禽粪便污水处理的基本原则有以下几点：（1）采用用水量较少的清粪工艺——干清粪工艺使干粪与尿污水分流，最大限度地保存粪便的肥效，减少污水量以及污水中污染物的浓度，降低废水处理难度及成本。
产业化原则 畜禽粪便收集和处理可采用产业化和专业化模式，吸引社会各界投资，这种社会化服务是社会发展的趋势，固体粪便堆肥、污水处理产业化不仅可以为畜禽养殖场解决污染问题，而且可为绿色食品生产提供可靠的物质保障，并通过出售有机肥提高经济效益，同时也可以为农民创造就业机会。
化粪池的粪便处理主要有以下几种方法： 环保处理厂：将粪便运送到专门的环保处理厂进行处理。在处理过程中，粪便会经过沉淀、厌氧消化、混合生物发酵等环节，最终转化为肥料或用于发电。 堆肥处理：将粪便和其他有机废弃物一起进行堆肥处理。在处理过程中，需要定期翻动堆肥堆，以促进其分解和成熟。
联系专业清理公司：这是最常见的方法，专业的清理公司有专门的设备和技术来处理满的化粪池，会将粪便抽出来，然后运送到指定地点进行处理。使用化粪池清理车：这是一种专门用于清理化粪池的车辆，可以将粪便抽出来并运送到指定地点进行处理。
人工清掏：化粪池中的部分固化物体不易分解，而且容易堵塞排污管道，需要人工进行清掏。吸粪车：主要是用于抽吸粪便、污泥浆、污水和混有较小悬浮杂物的液体。
目前养殖场畜禽粪便无害化处理的方法主要包括饲料化、肥料化、能源化等。饲料化 粪便含有一定的营养成分，可作为饲料资源。在猪仔日粮中添加10%-20%的牛粪对猪仔无不良影响，随牛粪含量增加采食量下降。
生物发酵处理 生物发酵处理法是近年来国内外研究较多的一种方法。该法具有成本低、发酵产物生物活性强、肥效高、易于推广等特点。同时可达到除臭、灭菌的目的，因而被认为是最有前途的一种畜禽粪便处理方法。发酵可分为沼气池、好气氧化池与堆肥等3种方法。
畜禽粪便可以做肥料，也可以做沼气液，如果是养殖场的粪便太多的话建议买台粪便处理机，处理一下，干肥可卖掉，增加收益。处理禽畜粪便制作饲料。选择鸡粪喂牛、猪，从节省饲喂成本来说是完全可行的。但是，鸡粪不加处理会含有大量刺激性气体，甚至含有寄生虫卵，有很强的传染性。
